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插入论文元数据字段

因为优酱在她的毕业论文里只引用了期刊上的论文（Journal Paper），而且都是国外的，所以我们只关注Journal Paper的引用格式。我们都知道，一篇Paper的元数据大概（Metadata）由如下字段构成：

◆ 论文的标题（Paper Title），这是一个字符串，只包含ASCII编码内的可见字符和空格。
◆ 论文刊登的期刊的标题（Journal Title），这同样是一个只包含ASCII编码内的可见字符和空格的字符串。
◆ 论文刊登期刊的标题的缩写（Journal Title Abbreviation），这还是一个只包含ASCII编码内的可见字符和空格的字符串（为什么要强调这么多遍呢？因为优酱怕说不清楚被喷啊）。
◆ 论文刊登的年份，是一个至多四位的正整数，比如2018。
◆ 论文刊登的月份，如果论文刊登的月份是已知的话，是一个至多12的正整数。如果论文刊登的月份未知，是-1。
◆ 论文刊登的日子，如果论文刊登的日子是已知的话，是一个符合西历历法的，至多31的正整数。如果论文刊登的日子未知，是-1。
◆ 论文刊登的期刊的卷号（Volume），通常情况下，是一个整数，但有时也可能是一个一个只包含ASCII编码内的可见字符和空格的字符串。
◆ 论文刊登的期刊的期号（Issue），通常情况下，是一个整数，但有时也可能是一个一个只包含ASCII编码内的可见字符和空格的字符串。
◆ 论文刊登的期刊的页码（Pages），通常情况下，呈现xxxx-xxxx的形式，表示起始页码和终止页码，但有时也可能是一个一个只包含ASCII编码内的可见字符和空格的字符串。
◆ 论文刊登的文档识别码（doi），是一个一个只包含ASCII编码内的可见字符和空格的字符串，格式通常形如10.1038/nbt.3519。
◆ 作者人数（Author Count），是一个正整数，表示作者的人数，通常不会超过20（优酱并没有闲到强行在论文中引用人类基因组计划的Paper）。
◆ 作者名单（Author List），是一个由固定格式的字符串组成的列表，每一行都单独表示一名作者，形如：

Bray, Nicolas L.
Pimentel, Harold
Marine, Jean-Christophe
Geurts, Pierre
Aerts, Jan
van den Oord, Joost
Atak, Zeynep Kalender
Wouters, Jasper
Aerts, Stein

其中对于每行：英文逗号前面的部分，是作者的Last Name，如果Last Name分多节的话，节与节之间用空格隔开。英文逗号后面的部分，是作者的First Name，如果First Name分多节的话，节与节之间用逗号隔开。优酱保证她找来的测试数据都是真实的，作者的人名中就算包含奇怪的字符也都被换掉了，一定可以用ASCII编码，空格一定是节与节之间的分界点，且不会出现多余的空格。注意在学术论文中作者的顺序极为重要（因为涉及分赃问题），所以给出的作者顺序不可以调换。而且优酱保证对于每个人名，英文逗号只会出现一次，而且是用来分隔Last Name和First Name的。

当优酱想往软件中添加一篇论文的时候，会输入IMPORT命令，然后依序键入上述的元数据字段，格式大概如下（尖括号对应上文所述的字段）：

IMPORT
<Paper Title>
<Journal Title>
<Journal Title Abbreviation>
<Year>
<Month>
<Day>
<Volume>
<Issue>
<Pages>
<doi>
<Author Count>
<Author List>

参考文献引用格式

接下来分别介绍四种常见的参考文献引用格式：

IEEE格式

下面是几个用IEEE表示的参考文献示例：

[1] C. Trapnell, L. Pachter, and S. L. Salzberg, "TopHat: Discovering splice junctions with RNA-Seq," Bioinformatics, vol. 25, no. 9, pp. 1105-1111, 2009.
[2] T. Kociumaka, "Minimal Suffix and Rotation of a Substring in Optimal Time," (Cpm2016), vol. 54, no. 28, pp. 1-1, 2016.
[3] D. I. Bolnick and W. E. Stutz, "Frequency dependence limits divergent evolution by favouring rare immigrants over residents," Nature, vol. 546, no. 7657, pp. 285-288, 2017.
[4] S. Aibar et al., "SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering," Nat. Methods, vol. 14, no. 11, pp. 1083-1086, Oct. 2017.

IEEE参考文献引用格式分为如下几个部分：

    1. 参考文献序号：在IEEE格式中，参考文献序号需要以[X]表示，其中X是整数序号。

    2. 作者名单：IEEE格式中对文献的作者名单表示要细化为如下的规则：

每名作者显示为<F. N.> <Last Name>：作者的First Name的每一节都要进行缩写，即：只保留名字的首字并进行大写化（如果首字是英文字母的话），然后加一个英文句号。而作者的Last Name要完整印出。
        2.1. 当作者只有一人时，直接印出作者名称。
        2.2. 当作者有两人时两位作者的名字直接用and链接。
        2.3. 当作者有三到六人时，对于排在前面的作者，用英文逗号链接，最后两位作者用逗号和and链接。
        2.4. 当作者超过六人时，只印出第一作者的名字，再印et al.，这是拉丁语缩写，表示“...等人”。
    3. 论文标题，要用英文双引号括起来，这个部分和下一部分分隔用的逗号是放在右边双引号内的。
    4. 期刊标题的缩写版本。
    5. 期刊卷号，前面要先印出vol.
    6. 期刊期号，前面要先印出no.
    7. 期刊页码，前面要先印出pp.
    8. 发表年月，如果知道月份的话，要先印出月份。如果表示月份的单词长度大于3，需要进行缩写（如果实在不知道月份的英文缩写请善用系统日历或字典，谢谢_(:_」∠)_）然后加英文句点，如果不需要缩写直接印出即可。然后印出年份。年月之间用空格隔开。
    9. 最后印一个英文句点，并换行。

建议您对应上面的样例确认所有的格式要求。

Nature格式

Nature格式的样例如下：

1. Tung, P. Y. et al. Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies. Sci. Rep. 7, 1-15 (2017).
2. Trapnell, C., Pachter, L. & Salzberg, S. L. TopHat: Discovering splice junctions with RNA-Seq. Bioinformatics 25, 1105-1111 (2009).
3. Kociumaka, T. Minimal Suffix and Rotation of a Substring in Optimal Time. (Cpm2016) 54, 1-1 (2016).

Nature参考文献引用格式分为如下几个部分：

    1. 参考文献序号：在Nature格式中，参考文献的序号服从X.格式，其中X是参考文献的整数序号。

    2. 作者名单：Nature格式的作者名单细化为如下几条规则：

每名作者显示为<Last Name>, <F. N.>即作者的Last Name在前完整印出，First Name的缩写在后，二者用英文逗号和一个空格隔开。First Name的缩写规则和IEEE是一样的。
        2.1. 当作者仅有一人时，直接印出作者名字。
        2.2. 当作者仅有两人时，二者的名字用&隔开。
        2.3. 当作者不超过五人时，前面的作者用,隔开，最后两位用&隔开。
        2.4. 当作者超过五人时，仅印出第一作者的名字，然后加et al.，这是拉丁文缩写，表示“...等人”。
    3. 论文标题，同下一部分用英文句点和空格隔开。
    4. 期刊标题的缩写版本，同下一部分用空格隔开。
    5. 期刊卷号，同下一部分用逗号隔开。
    6. 页码范围，同下一部分用空格隔开。
    7. 论文发表年份，用小括号扩起来。

    8. 英文句点，以及一个换行。

具体地，请参考上面给出的样例来确认格式要求的细节。

APA格式

APA格式的样例如下：

Trapnell, C., Pachter, L., & Salzberg, S. L. (2009). TopHat: Discovering splice junctions with RNA-Seq. Bioinformatics, 25(9), 1105-1111. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120
Kociumaka, T. (2016). Minimal Suffix and Rotation of a Substring in Optimal Time. (Cpm2016), 54(28), 1-1. https://doi.org/10.4230/lipics.cpm.2016.28
Tung, P. Y., Blischak, J. D., Hsiao, C. J., Knowles, D. A., Burnett, J. E., Pritchard, J. K., & Gilad, Y. (2017). Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies. Scientific Reports, 7(September 2016), 1-15. https://doi.org/10.1038/srep39921
Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., ... Aerts, S. (2017). SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. https://doi.org/10.1038/nmeth.4463

APA参考文献引用格式分为如下的几个部分：

    1. 作者：APA格式的作者名单细化为如下几条规则：

每名作者显示为<Last Name>, <F. N.>即作者的Last Name在前完整印出，First Name的缩写在后，二者用英文逗号和一个空格隔开。First Name的缩写规则和IEEE与Nature是一样的。
        1.1. 当作者只有一人时，直接印出即可。
        1.2. 当作者为两人时，两名作者的名字用, &连接。
        1.3. 当作者超过两人但不足八人时，前面的作者名字用逗号链接， 最后两名作者的名字用, &链接。
        1.4. 当作者超过七人时，先印出前六名作者的名字，然后加表示省略的, ...，然后印出最后一名作者的名字。
    2. 论文发表年份，需要用英文小括号括上，并加一句点同下一部分分隔。
    3. 论文标题，印出后加一句点同下一部分分隔。
    4. 期刊的完整标题，印出后加一逗号同下一部分分隔。
    5. 卷号和期号，服从<vol>(<issue>)的格式，印出后加一逗号同下一部分分隔。
    6. 页码，印出加一句点同下一部分分隔。
    7. doi链接，这一部分由字段中给出的doi转化而来，格式为https://doi.org/<doi>。
    8. 最后直接换行即可。

具体地，请参考上面的样例来确认格式要求的细节。

Harvard格式

Harvard参考文献引用格式的样例如下：

Aibar, S. et al. (2017) ‘SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering’, Nature Methods, 14(11), pp. 1083–1086. doi: 10.1038/nmeth.4463.
Gawad, C., Koh, W. and Quake, S. R. (2016) 'Single-cell genome sequencing: Current state of the science', Nature Reviews Genetics, 17(3), pp. 175-188. doi: 10.1038/nrg.2015.16.
Kociumaka, T. (2016) ‘Minimal Suffix and Rotation of a Substring in Optimal Time’, (Cpm2016), 54(28), pp. 1–1. doi: 10.4230/lipics.cpm.2016.28.
Bolnick, D. I. and Stutz, W. E. (2017) 'Frequency dependence limits divergent evolution by favouring rare immigrants over residents', Nature, 546(7657), pp. 285-288. doi: 10.1038/nature22351.

Harvard参考文献的引用格式分为如下几个部分：

    1. 作者：Harvard格式的作者名单细化为如下几条规则：

每名作者显示为<Last Name>, <F. N.>，即作者的Last Name在前完整印出，First Name的缩写在后，二者用英文逗号和一个空格隔开。First Name的缩写规则和IEEE、Nature与APA是一样的。
        1.1. 当只有一名作者的时候，请直接印出作者的名字。
        1.2. 当有两名作者的时候，两名作者的名字直接用and链接。
        1.3. 当作者数目大于二但不足四时，前两名作者的名字用英文逗号分隔，最后两名作者的名字用and分隔。
        1.4. 当作者超过三名时，只印出首位作者，然后加et al.，这是拉丁文缩写，表示"...等人"。
    2. 论文发表的年份，需要用英文小括号括上，并加一空格同下一部分分隔。
    3. 论文标题，需要用英文单引号括上，然后加一英文句点仝下一部分分隔。
    4. 刊载论文的期刊的完整标题，印出后加一英文句点仝下一部分分隔。
    5. 期刊卷号和期号，服从<vol>(<issue>)的格式，印出后加一句点同下一部分分隔。
    6. 论文页码，前加pp.，后加一英文句点同下一部分分隔。
    7. 论文文档索引号（doi），前加doi:。
    8. 最后印一个英文句点然后换行。

具体地，请参考上面的样例来确认格式要求的细节。

引用命令

当优酱需要输出引用时，会输入CITE命令，格式如下：

CITE <Format> <Paper Count> <Paper1> <Paper2> ...

其中<Format>可以是IEEE、Nature、APA或Harvard，表示需要以何种格式输出引用。<Paper Count>是一个整数，小于等于8，表示需要一齐输出多少篇论文的引用。<Paper>表示需要输出的论文的编号，论文是第几个被IMPORT进程序里的，论文的编号就是几。

例如，CITE IEEE 3 3 1 2的意思就是用IEEE格式输出一个引用列表，第一篇论文是第3个IMPORT进程序的，第二篇是第1个IMPORT进程序的，最后一篇论文是第2个IMPORT进程序的。

结束命令

当优酱执行完所有操作的时候，会输入一个END表示结束程序。

数据的构造如下：
<IMPORT>
<IMPORT>
<IMPORT>
<IMPORT>
<IMPORT>
<IMPORT>
<IMPORT>
<IMPORT>
<CITE>
<CITE>
<CITE>
<CITE>
END
其中每个尖括号字段表示一个指令块，格式请参照题目描述。优酱保证数据一定是规范的，没有多余的不可见字符。
优酱精选了八篇真实存在的论文的元数据当作本题的测试数据，这些论文的元数据都是Mendeley自动抓取的并经过了优酱的人工校对，应该没有重大问题。对应的引用也是使用权威软件Mendeley自动导出的，并且经过了优酱的人工审查确保已经替换了不适应ASCII编码的字符。这八篇论文的doi如下：
10.1038/nmeth.4463
10.1038/nbt.3519
10.1038/nmeth.4263
10.1038/nrg.2015.16
10.1093/bioinformatics/btp120
10.1038/srep39921
10.1038/nature22351
10.4230/lipics.cpm.2016.28

请按题目指示输出的和要求的引用列表，注意不要输出多余的不可见字符。

IMPORT
SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering
Nature Methods
Nat. Methods
2017
10
9
14
11
1083-1086
10.1038/nmeth.4463
14
Aibar, Sara
Gonzalez-Blas, Carmen Bravo
Moerman, Thomas
Huynh-Thu, Van Anh
Imrichova, Hana
Hulselmans, Gert
Rambow, Florian
Marine, Jean-Christophe
Geurts, Pierre
Aerts, Jan
van den Oord, Joost
Atak, Zeynep Kalender
Wouters, Jasper
Aerts, Stein

CITE IEEE 1 1

CITE Nature 1 1

CITE APA 1 1

CITE Harvard 1 1

END

[1] S. Aibar et al., "SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering," Nat. Methods, vol. 14, no. 11, pp. 1083-1086, Oct. 2017.
1. Aibar, S. et al. SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering. Nat. Methods 14, 1083-1086 (2017).
Aibar, S., Gonzalez-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., ... Aerts, S. (2017). SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083-1086. https://doi.org/10.1038/nmeth.4463
Aibar, S. et al. (2017) 'SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering', Nature Methods, 14(11), pp. 1083-1086. doi: 10.1038/nmeth.4463.

最后祝各位高年级参赛选手顺利毕业(´･ω･`)